Miután az UEFA első alelnöke, a spanyol Ángel María Villar egy hete visszalépett, a szlovén szövetséget 2011 óta irányító, 48 éves jogász egyetlen ellenfele a holland szövetség elnöke, a 68 esztendős Michael van Praag volt. A szavazáson 42-13-ra győzött Ceferin, akinek megbízatása 2019 tavaszáig szól.
Döntését, hogy pályázik az elnöki posztra, június elején jelentette be, azóta pedig többek között a magyar, a német, a francia, az albán, a bosnyák, a bolgár, a horvát, a görög, a ciprusi, a montenegrói, az orosz, a macedón, a román, a szerb, az olasz és a török szövetség is jelezte, hogy őt fogja támogatni, csakúgy, mint négy észak-európai ország futballszövetsége. A voksolásnak így ő volt az esélyese.
Augusztus végén a korrupció, a doppingolás és a fogadási csalások visszaszorítását nevezte legfőbb céljának.
"Arra fogok törekedni, hogy megvédjem sportágunk integritását és biztosítsam a megfelelő környezetet minden résztvevő számára"
- közölte akkor. Hozzátette: olyan sportszervezetté akarja alakítani az UEFA-t, amely mintaként szolgálhat más sportágaknak is, valamint biztosítani akarja a fenntartható fejlődés feltételeit.
Kijelentette: hisz benne, hogy olyan új ötleteket és felfogást tud vinni az európai szövetségbe, amelyre a kontinens labdarúgásának a jövőben szüksége lesz.
Később elárulta azt is, hogy nagyszerűnek tartja az új, 24 csapatos Európa-bajnoki rendszert, ezért biztosan nem változtatna rajta.
Megválasztása előtti athéni felszólalásában tiszteletlenségnek nevezte, hogy egyesek tapasztalatlanságot emlegetnek vele kapcsolatban.
"Azt állítani, hogy tapasztalatlan vagyok, tiszteletlenség a kis és közepes országok futballszövetségeinek elnökeivel szemben, akiknek, mint nekem magamnak is, kevesebből többet kell kihozniuk, azaz éppen hogy rendelkeznek tapasztalatokkal"
- fogalmazott. -
"Nem vagyok showman, nem az egoizmus vezérel, nem vagyok az irreális ígéretek embere"
- tette hozzá, ugyanakkor angol nyelvű felszólalásában a Scorpions népszerű dalára utalva a "változás szeléről" beszélt.
Elnökválasztásra azért volt szükség, mert a nemzetközi szövetség etikai biztossága decemberben Michel Platini alelnököt, az UEFA első számú vezetőjét "összeférhetetlenség" és "hűtlen kezelés" miatt eltiltotta a labdarúgással kapcsolatos mindennemű tevékenységtől. A francia sportvezető májusban - miután a nemzetközi Sportdöntőbíróság nem mentette fel őt, hanem csak hatról négy évre csökkentette eltiltását - szóban lemondott posztjáról. Később jelezte, hogy mindezt Athénban hivatalosan is megteszi majd, amihez megkapta a jóváhagyást a FIFA etikai bizottságától, és szerdán el is búcsúzott.