Wuerl augusztusban került támadások kereszttüzébe, amikor az amerikai vádesküdtszék augusztusban úgy ítélte meg, hogy Wuerl közreműködött pedofil papok ügyeinek eltussolásában Pittsburghben, ahol 1988 és 2006 között Wuerl volt a püspök. A jelentés szerint az évtizedek alatt körülbelül 300 pap csaknem ezer, többségében fiatal korút molesztált.
A vádirat Wuerlt nem nevezi meg elkövetőként, azonban az a vád ellene, hogy a felpanaszolt papok közül voltak, akiket az ellenük benyújtott kifogások ellenére is visszahelyezett tisztségükbe.
Wuerl sajnálatát fejezte ki az áldozatoknak az elszenvedett sérelmekért, de hangsúlyozta saját erőfeszítéseit a klérus szexuális bűncselekményei elleni harcban. Wuerl az egyik legtekintélyesebb egyházi személy, aki az egyház pedofilbotrányai miatt leköszönt a tisztségéről.
Wuerl elődje, Theodore McCarrick azért kényszerült lemondani posztjáról a bíborosi kollégiumban, mert az egyház belső vizsgálata megalapozottnak és hitelesnek találta azokat a vádakat, melyek szerint szexuálisan zaklatott egy ministránsfiút a múlt század hetvenes éveiben. McCarrick ügyeiről a volt washingtoni pápai nuncius szerint maga az egyházfő is tudott.