Fónay Jenő 1926. szeptember 5-én született Kaposvárott. A második világháború idején, 1944 szeptemberében önként jelentkezett a Szent László hadosztályba, majd Németországba került, ahol amerikai fogságába esett. 1945. november elején tért haza. A közgazdasági, majd a műszaki egyetemre járt, 1952-ben szerzett mérnöki diplomát. 1953-tól 1956-ig az Erőműtervező Irodánál dolgozott.
1956 őszén tevékenyen részt vett a forradalom és szabadságharcban, Budapesten fegyveresen harcolt a Széna téren.
Ezért még 1956-ban letartóztatták, majd 1958-ban halálra ítélték. Négy hónapot töltött a halálraítéltek cellájában és 21 napot a siralomházban, majd a jogerős halálos ítéletet életfogytiglanra változtatták. Az amnesztia idején, 1963-ban szabadult a börtönből.
Fónay Jenő 1963-tól 1984-ig a Mélyépítő Vállalatnál, majd a Vízitervnél volt hőtechnika-tervező; 1984-től rokkantnyugdíjas.
A politikai foglyok mozgalmát 1987-től szervezte. 1988 tavaszán egyik alapítója volt a Történelmi Igazságtétel Bizottságnak, majd abból kiválva 1989-ben azzal a céllal hozta létre a Magyar Politikai Foglyok Szövetségét, hogy a forradalom idején harcoló és utána börtönben, elnyomásban sínylődő magyaroknak megfelelő életkörülményeket vívjon ki, illetve ébren tartsa 1956 szellemiségét.
A szervezet elnöki tisztét 2002-ig töltötte be.
Részt vett Nagy Imre és mártírtársai 1989. június 16-i újratemetésének megszervezésében, illetve 1990-től megszűnéséig, 1993-ig tagja volt a Kárpótlási Hivatal Társadalmi Kollégiumának.
1992-1995 között a Magyarok Világszövetségének alelnöki tisztét töltötte be az anyaország képviseletében. 2005-ben Nagy Imre-érdemrenddel, 2006-ban a Szabadság Hőse emlékéremmel, valamint a Magyar Köztársasági Érdemrend nagykeresztjével tüntették ki.
Visszaemlékezései Megtorlás (Mi történt Magyarországon 1956 után?) címmel 1983-ban jelentek meg a Svájci Magyar Irodalmi és Képzőművészeti Kör gondozásában.