- 1996-ban az atlantai olimpia után kiderült, hogy a 22 fős magyar úszócsapatból 12-en hamisított eredményekkel jutottak ki. Gyárfás lemondott, de mivel tagadta, hogy tudott volna a manipulációról, maradhatott.
- 2011-ben a Kormányzati Ellenőrzési Hivatal megállapította, hogy a margitszigeti úszó Eb költségvetését felültervezték, az állami támogatásból 120 millióra nem lett volna jogosult a szövetség, 60-at pedig jogszerűtlenül használtak fel.
- 2013-ban jelent meg Szepesi Nikolett botránykönyve, aki tini úszóként elszenvedett molesztálásról, versenyzőkkel szemben elkövetett tettlegességről írt. A rendőrség elévülésre hivatkozva lezárta a nyomozást.
- 2015-ben egy közgyűlésen az egész elnökség lemondott. Gyárfás azt mondta, ha a többség másban látja az erőt, ami a 2017-es vb megrendezéséhez szükséges, akkor távozik. Újraválasztották.
- 2016-ban derült fény Kiss László nemi erőszak-ügyére, előkerült az áldozat is. A szövetségi kapitány lemondott, Gyárfásról bizalmi szavazás döntött, 118:2 arányban mellette voksoltak.
A napokban Hosszú Katinka szólította fel lemondásra Gyárfást, csatlakozott hozzá több neves úszónk is, ráadásul a kormánypárt lapjában Czene Attila volt sportállamtitkár is beleszállt a vezetőbe.
Gyárfás a hvg.hu-nak azt nyilatkozta, nem sértődhet meg, maradnia kell 2020-ig, hogy végigvigye a 2017-es vizes vb-t és a 2020-as vizes Eb-t.