Az ügyészség a 2006. szeptember 18-án este a tévészékháznál, szeptember 19-21-én és október 23-án Budapest utcáin történtek miatt katonai bűncselekmények, elöljárói intézkedés, illetve utólagos felelősségre vonás elmulasztásával vádolt meg három rendőr tábornokot - Bene László akkori országos főkapitányt, Gergényi Péter akkori budapesti főkapitányt és Dobozi Józsefet, a Rendészeti Biztonsági Szolgálat (Rebisz) akkori vezetőjét -, továbbá tucatnyi másik rendőrtisztet.
A vád szerint Gyurcsány Ferenc akkori szocialista miniszterelnök őszödi beszédének nyilvánosságra kerülése miatt kezdődött tiltakozás a Parlamentnél, majd a tüntetők egy csoportja a Szabadság téri tévészékháznál követelte sikertelenül, hogy olvassák be petíciójukat. Ezután a néhány száz fős tömegből elkezdtek köveket dobálni, autókat felborítani, gyújtogatni, rátámadtak a székházat védő rendőrökre, majd betörtek az épületbe, ahol dúltak, fosztogattak.
A vád kitért arra, hogy a rendőröknek hiányos volt a védőfelszerelésük, a tévészékházhoz kinevezett helyszínparancsnok pedig nem tudta koordinálni a rábízott rendőröket és megvédeni az épületet. Az akkori budapesti főkapitány felelőssége az ügyészség szerint abban áll, hogy mindezt észlelve sem tett érdemi lépéseket a helyzet megoldására.
A székházostromnál mintegy 200 rendőr megsérült, a televízió és a rendőrség eszközeiben összesen százmilliós nagyságrendű kár keletkezett. Az összecsapások a következő napokban is folytatódtak a főváros közterületein, majd október 23-án az akkor ellenzékben lévő Fidesz Astoriánál tartott nagygyűlését követő órákban ismét súlyos atrocitások történtek a rendőrség és a tiltakozók között.
Az ezt követő eseményekkel kapcsolatban az ügyészség azt rója fel: a csapaterős rendőri intézkedések során az alegységparancsnokok nem tettek azért, hogy megelőzzék, félbeszakítsák, illetve utólag kivizsgálják az alárendeltjeik által elkövetett túlkapásokat. Mi több, az ilyen esetekben a rendőrtanúk igyekeztek homályossá, bizonytalanná tenni a tényállást.
A vádlottak az eljárás során zömmel tagadták bűnösségüket.
A büntetőper két éve kezdődött, több mint száz tárgyalást tartottak, meghallgattak több mint kétszáz tanút, valamint számos szakértőt. Az eseményeket vizsgálta több parlamenti és szakértői bizottság, tanúként hallgattak ki több politikust.
Gyurcsány Ferenc volt miniszterelnök a tárgyalóteremben azt hangoztatta: a vádlottak a terhükre rótt cselekményeket nem követték el, az esetleges szakmai hibák pedig nem feltétlenül vonnak maguk után büntetőjogi szankciót.
Arra reagálva, hogy az eljárásban volt, aki arról beszélt, a székházostromot egy akkori kormánytag szervezte, Gyurcsány Ferenc azt mondta: ő viszont olyan információkról hallott, amelyek szerint két, ma vezető funkcióban lévő kormánypárti - akkoriban ellenzéki - politikus aktívan részt vett az események szervezésében, előkészítésében.
Balsai István volt fideszes országgyűlési képviselő, aki a 2010-es kormányváltás után miniszterelnöki megbízottként vizsgálta a történteket, úgy vélekedett: aránytalan volt a rendőri fellépése a Fidesz rendezvényéről távozókkal szemben, terrorcselekmények történtek a belvárosban, és megalapozottan feltehető, hogy a rendőrség tudatosan tűrte a túlkapásokat, legfelsőbb politikai utasításra cselekedett.
A perben ugyancsak tanúként meghallgatott Papp Károly rendőr tábornok - jelenleg országos rendőrfőkapitány, a vádbeli események idején megyei főkapitány - 2007-es jelentése szerint a csapaterős tevékenység alapvetően törvényes, de több ponton szakszerűtlen volt, például a könnygáz, gumilövedék használata eltúlzott, szükségtelen volt.
A Gönczöl Katalin volt ombudsman vezetésével vizsgálódó bizottság 2007-ben közzétett jelentése szerint a 2006-os őszi eseményekért eltérő mértékben ugyan, de felelős az egész politikai osztály, továbbá a közszolgálati média, a társadalomtudományokkal foglalkozó értelmiség, de hibázott a rendőrség, a miniszterelnök és a köztársasági elnök is.
A tárgyalásokon ismertették a rendőrök székházostrom idején egymással váltott rádióüzeneteit. Amikor például tüzet gyújtottak a támadók az épületnél, azt jelentették a rendőrök: "Siessetek, mert itt fogunk megfulladni!"
A rendőrök hol kérték, hol követelték feletteseiktől a segítséget: "Türelem, az van, de ezek egyre közelebb jönnek! (...) Annyi rendőr sérült van, hogy ki se tudjuk őket vinni. (...) Amerre nézek, rendőr, csak az a baj, hogy szervezetlenek és kimerültek. (...) Hol a (...) vagytok, már elnézést!" Az elöljárók azonban sokáig csak nyugtázták az adásokat és időnként felszólították beosztottaikat, hogy tartsanak ki. Csak órák múlva hangzott el az utasítás: "Nyomjátok, gyerekek, lőfegyver kivételével minden engedélyezve van"!
A perbeszédek során az ügyész jobbára felfüggesztett szabadságvesztést indítványozott a vádlottakra, köztük a három tábornokra, a védők ugyanakkor felmentést kértek.
A volt országos főkapitány ügyvédje például szóvá tette, hogy védencével szemben korábban már folyt nyomozás, amelyet azonban 2007-ben az ügyészség megszüntetett. Ám a kormányváltás után a 2006-os őszi eseményeket vizsgáló parlamenti albizottság jelentése alapján indult újabb eljárásban már megvádolták a tábornokot.
A vádlottak az utolsó szó jogán ártatlanságukat hangoztatták.
Egy másik, évekkel ezelőtt lezárult büntetőeljárásban 40 embert vádoltak meg erőszakos bűncselekményekkel a székház elleni támadás miatt. Többségük felfüggesztett szabadságvesztést kapott, volt néhány felmentő ítélet, illetve pénzbüntetést, letöltendő szabadságvesztést abban az ügyben a visszaesők kaptak.