A CETA-t a magyar emberek kétharmada tartja veszélyesnek, a parlamenti kormánytöbbség viszont a választók megkérdezése nélkül támogatta a kezdeményezést.
A megállapodást az EU mind a 28 tagállama jóváhagyta, a sokáig elutasító álláspontot képviselő vallonok azonban kiharcolták, hogy a befektetési bírósági rendszert a belgák az Európai Unió Bírósága elé vigyék, így ha a testület megállapítja, hogy az ellentétes az európai jogszabályokkal, a CETA gyakorlatilag érvényét veszíti.
A befektetési bírósági rendszer nagy része így ideiglenesen nem lép hatályba, de a 25.2-es pontban összefoglalt célkitűzések igen. Ezekben jelölik meg a nemzetközi együttműködést olyan a biotechnológiával összefüggő kérdésekben,
mint például a géntechnológiával módosított szervezetek alacsony szintű jelenléte,
illetőleg előírják a szabályozási együttműködés kialakítását a biotechnológiai termékekkel kapcsolatos szabályozási gyakorlatok káros kereskedelmi hatásainak mérséklése érdekében.
A CETA ellenzői szerint az egyezmény általános deregulációt von majd maga után és korlátozza a nemzeti kormányok mozgásterét.
Oda Magyarország nemzeti önrendelkezése - aláírják a CETA-t
Sajtótájékoztatóján Charles Michel kijelentette, a CETA nagyon fontos a vállalatok, a gazdaság számára. Didier Reynders külügyminiszter pedig jogosnak nevezte a szerződéssel kapcsolatos korábbi vallon aggodalmakat.Később Paul Magnette vallon kormányfő is megerősítette, hogy egyezségre jutottak.Tető alá hoztuk a megállapodást, amelyet megküldünk az uniós intézményeknek és az európai partnereinknek.
A CETA október 30-ai aláírásával vélhetően 2017 elejétől ideiglenesen hatályba lép a szerződés; ehhez még szükség van az Európai Parlament decemberi jóváhagyására is. Az ugyanakkor még mindig nem tisztázott, hogy mely részei lépnek automatikusan működésbe. Amennyiben hazánk képes is lenne megvédeni az Alaptörvényben rögzített GMO-moratóriumot, félő, hogy a dömpingáron érkező kanadai gabona így is elsöpri majd a magyar agráriumot.
A végleges ratifikáció akár éveket is igénybe vehet; az elképzelések szerint minden nemzeti parlamentnek igent kell majd mondania az egyezményre. Igaz, most is minden kormány támogatta azt.