Nem kell összeesküvés elméletre gyanakodni, ugyanis az akadémiai tisztogatásra vonatkozó adatok jól ismertek az akadémiai kiadványokból. Ha meg akarjuk ismerni, hogy mi is történt a XIX. század második felének tudománypolitikájában és hogyan lettünk hunokból és szkítákból ismeretlen finnugorok, akkor csak a Magyar Tudományos Akadémia által kiadott művekből is tájékozódhatunk. Az egyik ilyen mű az intézmény történetét tárgyalja 1825 és 1975 között, ebben egyebek között arról is szó van, hogyan készítették elő 1850-től, a Bach-korszak kezdetétől a Habsburg-párti hatalomátvételt, hogyan cserélték le a nemzeti érzelmű és a magyar érdekeket képviselő szakembereket Habsburg-hű fiatal hivatalnokokra.
A fordulópontra 1858-ban került sor, amikor a Habsburg-pártiak keresztülvitték az akadémia alapszabályának módosítását, Széchenyi tiltakozása ellenére. Az új változat szerint a nagy múltú tudományos intézmény az osztrák kormány irányítása alá került és a Habsburg érdekek érvényesültek, amelyben az egyik fő szempont nem a kutatók szabadsága, hanem az uralkodó iránti hűség volt. A változtatás ellen Deák Ferenc is felemelte a szavát, de nem tudtak semmit elérni, így az utolsó nemzeti intézmény is elveszett.
Az új alapszabályon kívül meg kellett szabadulni a régi tagoktól, akik nem akarták elfogadni a Habsburg befolyást. 1858. december 20-ra összehívták az MTA 17. közgyűlését, amelynek során több mint hetven tagot, köztük a reformkor nagy alakjaitól, Telekitől, Vörösmartytól és Bajzától megszabadultak, és helyükre királypárti fiatalokat választottak. Az Igazgatótanács 24 tagjából mindössze tízen maradtak a régiek, akiknek nem volt beleszólása az ügymenetbe. A tényleges irányító munkát Eötvös József alelnök irányította, aki a Habsburgok által jónak ítélt „korszerűsítést” hajtotta végre. Az ő és nem Trefort nevéhez fűződik a finnugorizmus diadala is.