Az 1989 után létrejött első magyar tannyelvű erdélyi felsőoktatási intézmény nehéz gazdasági helyzetét egy belső átvilágítás hozta felszínre. A hét elején felajánlotta lemondását János Szabolcs, az egyetem rektora, és Berei Annamária, az egyetem gazdasági igazgatója. A lemondások elfogadásáról vagy elutasításáról a jövő hét szerdáján összeülő szenátus dönt.
A Krónika pénteki számában azt írja, hogy 2009 óta folyamatosan gyarapodott a PKE adóssága, különösen 2012-ben és 2013-ban, amikor egyaránt több mint egymillió lejjel nőtt a költségvetési hiány. A tavaly foganatosított intézkedések nyomán a deficit az egy évvel korábbihoz képest közel felére csökkent. A lap szerint a Magyarország-Románia Határon Átnyúló Együttműködési Program (HURO) keretében lebonyolított programok vezettek a legnagyobb mértékben az eladósodáshoz.
Az egyetem 14 ilyen programban vett részt, és ezek keretében mintegy 750 ezer eurót (225 millió forint) hívott le az EU alapjából, az önrész biztosításához azonban mintegy 300 ezer euró (90 millió forint) banki hitelt kellett felvennie. Mivel a lebonyolított programokat csak késve tudta elszámolni, nem tudta teljesíteni a hitelező bankkal szembeni törlesztési ütemtervet. Így a banki kamatok és a hitel összege folyamatosan növekedett.
Az egyetem kiadásai e programoktól függetlenül is évről-évre meghaladták a bevételeket. Az intézmény 2013-ban késve tudta kifizetni a közterheket a román államnak, emiatt a pénzügyi hatóság zárolta a számláit, és több mint 300 ezer lejes (21 millió forint) büntetőkamatot rótt ki.
A PKE pénzügyi gondjai akkor kerültek nyilvánosságra, amikor a két erdélyi magyar egyetem (a PKE és a Sapientia) számára folyósított magyar állami támogatást kezelő Sapientia Alapítvány közölte, olyan megállapodás aláírását kezdeményezte a nagyváradi felsőoktatási intézménnyel, amely értelmében a kifizetések szabályosságát az alapítvány egyik munkatársa fogja hitelesíteni.
A Partiumi Keresztény Egyetem a Tőkés László korábbi református püspök által 1990-ben alapított Sulyok István Református Főiskola jogutódja. Az 1999-ben alakult, 2008-ban akkreditált intézményt a Sapientia Erdélyi Magyar Tudományegyetemmel Együtt a magyar állam tartja fenn.