Vlagyimir Markin, a bizottság vezetője azzal kapcsolatban, hogy a volt olajmágnás aznap nem jelent meg az egyik moszkvai bíróság idézésén, ahol egy gyilkossági ügyben akarták meghallgatni, bejelentette, hogy a közeljövőben elfogatóparancsot adnak ki ellene.
A hatóságok egy 1998-ban történt gyilkosság, a szibériai Nyeftyejuganszk - ebben a városban volt abban az időben a Jukosz székhelye - polgármesterének, Vlagyimir Petuhovnak a megölése, illetve annak kísérője, Vjacseszlav Kokoskin elleni gyilkossági kísérlet, továbbá az East Petroleum Handelsgas GmbH ügyvezetője, Jevgenyij Ribin elleni 1999-es merénylet ügyében akarta meghallgatni Hodorkovszkijt. Ez utóbbi merényletben lelőtték Ribin egyik testőrét, és megsebesítették két kísérőjét. A nyomozó bizottság szerint Hodorkovszkij megalapozottan gyanúsítható azzal, hogy megrendelte ezeket a gyilkosságokat és gyilkossági kísérleteket.
Hodorkovszkij tagadja ezeket a vádakat, és politikai leszámolásnak tekinti az ellene folyó eljárást.
A nyeftyejuganszki polgármester megölése és több más gyilkosság ügyében 2007-ben életfogytiglani szabadságvesztésre ítélték az olajvállalat egykori biztonsági vezetőjét, Alekszej Picsugint. Ezt az ügyet az orosz hatóságok egyszer már lezárták, ám júniusban váratlanul újranyitották.
Hodorkovszkij, aki valaha Oroszország leggazdagabb emberének számított, tíz évet töltött börtönben adóelkerülés és sikkasztás miatt. A Vlagyimir Putyin egyik fő politikai ellenlábasának számító volt olajmágnást 2013-ban az orosz elnök kegyelemben részesítette, s ezután Hodorkovszkij Nyugatra távozott. Svájci száműzetésében azonban továbbra is támadja Putyint és a Kreml politikáját.