Fillon egyből átszervezte a Köztársaságiak vezetőségét is.
A jobboldali előválasztást megszervező ellenzéki párt szabályzatában kimondta, hogy a megválasztott államfőjelölt határozhat az új vezetésről. Francois Fillon úgy döntött: megtartja önmaga számára a pártelnökséget, az előválasztáson Nicolas Sarkozy volt államfőt támogató Laurent Wauquiez eddigi ügyvezető elnököt pedig alelnökének nevezte ki.
A párt tényleges irányítását és a jövő évi elnökválasztásra történő felkészítését Fillon az egyik leghívebb politikustársára, Bernard Accoyer-ra, a nemzetgyűlés korábbi elnökére bízta, aki mostantól a párt főtitkára. A jobboldali elnökjelölt egy politikai bizottságot is kinevezett, amelyben az előválasztáson résztvett hét jelölt támogatói kaptak helyet.
Bárkire is szavaztak az előválasztásokon, a szlogenem egyszerű: mostantól együtt vagyunk mind. Én megyek a frontra, és azt kérem, hogy álljanak be mögém
- mondta Francois Fillon a jobboldali képviselők előtt. Nicolas Sarkozy egykori kormányfőjét (2007-2012) a hét végén nagy meglepetésre a szavazatok két harmadával választották meg államfőjelöltnek a jobboldali választók. A hét jelölt közül Francois Fillon számított a leginkább konzervatív értékrendű politikusnak, a kampányát pedig egy liberális gazdasági megszorító csomagra építette fel.
Jövő májusban - a kormányzásban meggyengült és népszerűtlenné vált baloldal széttagozódása miatt - jó eséllyel a jobboldali jelölt mérkőzhet meg az elnöki címért, mégpedig minden bizonnyal a Nemzeti Front jelöltjével, Marine Le Pennel, s jelenleg valamennyi felmérés Fillon győzelmét jósolja.