A cég szerint a fedélzet csapata a szerencsétlenség perceiben teljesen elvesztette az irányítást a repülő felett. A Kogalymavia (Metrojet) nézete az, hogy egyetlen hiba miatt, önmagától nem tört volna darabjaira repülőgépjük, ezért külső hatásra gyanakodnak. A légitársaság ugyanakkor bevallotta, hogy a 224 emberrel lezuhant Airbus már meghibásodott korábban, de állítólag azóta elvégezték a szükséges javításokat, és a gép kitűnő állapotba került.
Az egyiptomi és orosz hatóságok azt közölték, hogy egyelőre nem áll módjukban megmondani, mi okozta az utasszállító repülőgép szerencsétlenségét. Egyben egyetértés van: a repülőgép még a levegőben esett szét egyelőre ismeretlen okokból, és darabjai húsz négyzetkilométeres térségben szóródtak szét.
Az Iszlám Állam (IÁ) terrorszervezet egyiptomi szárnya bejelentette, hogy az ő fegyveresei lőtték le a gépet. Egy rossz minőségű videót is közzétettek, amin állítólag a gép lelövése látható. Az orosz közlekedési miniszter azonban nem látja hitelesnek a terrorcselekménnyel kapcsolatos változatot.