Gyakorlatilag teljesen bizonyosra vehető ugyanis, hogy ha a csütörtöki EU-referendumon a britek többsége a kilépésre voksol, akkor újból napirendre kerül a skót függetlenségi népszavazás. Skóciában 2014 szeptemberében tartottak népszavazást a függetlenné válásról, de akkor az elszakadást ellenző erők győztek 55,3 százalékos szavazataránnyal. David Cameron brit miniszterelnök a voksolás másnapján kijelentette, hogy a skót függetlenség kérdése "egy nemzedéknyi időre, sőt talán végérvényesen rendeződött".
Edinburghban azonban nem feltétlenül így gondolják. Nicola Sturgeon skót miniszterelnök többször hangoztatott álláspontja szerint ha a skótok többsége a brit EU-népszavazáson az EU-tagság mellett voksol - ahogy azt minden közvélemény-kutatás valószínűsíti -, miközben az Egyesült Királyság összlakosságának többsége a kilépésre szavaz, akkor elkerülhetetlenné válhat az újabb referendum kiírása a skót függetlenségről. Sturgeon elődje, Alex Salmond - aki a 2014-es függetlenségi népszavazás után adta át helyét a jelenlegi skót kormányfőnek, és most a brit parlament alsóházában képviseli skóciai választókörzetét - a minap már az új függetlenségi referendum lehetséges időpontjára is egyenes utalást tett. Az EU-népszavazás kampányának egyik televíziós vitaműsorában kijelentette: Brexit esetén - vagyis ha Nagy-Britannia távozik az EU-ból - már a kilépés feltételeiről szóló tárgyalások két évben megszabott időszaka alatt meg kellene rendezni az újabb skóciai függetlenségi népszavazást. Salmond szerint ha Skóciát "akarata ellenére kirángatnák az EU-ból", akkor az újabb függetlenségi referendumon a skótok többsége már megszavazná az elszakadást Nagy-Britanniától.
A volt skót miniszterelnök a hétvégén, a The Times című konzervatív brit napilapnak felfedte azt is, hogy utódja, vagyis Nicola Sturgeon a brit kormány feje felett átnyúlva, közvetlenül Brüsszellel kezdene tárgyalásokat arról, hogy Skócia miként maradhatna az Európai Unió és az uniós egységes piac tagja Brexit esetén. A lapnak skóciai kormányforrások is megerősítették, hogy Edinburgh megpróbálná elérni Brüsszelnél Skócia EU-tagságának fenntartását abban az esetben is, ha a brit lakosság többsége kiszavazná Nagy-Britanniát az EU-ból. A névtelenül nyilatkozó források szerint a cél annak elkerülése, hogy Skóciának "be kelljen állnia a sor végére" az EU-csatlakozásra váró országok között, de ennek egyik feltétele az újabb függetlenségi népszavazás és Skócia önállósulása. Az EU azonban már az első skóciai függetlenségi népszavazás előtt egyértelművé tette, hogy ebben az esetben sem lenne garantált Skócia felvétele önálló országként az unióba.
José Manuel Barroso, az Európai Bizottság akkori elnöke a skót referendum előestéjén a BBC televíziónak nyilatkozva kijelentette: Skóciának új csatlakozási kérelmet kellene benyújtania, és ezt az összes többi tagállamnak egyhangúlag jóvá kellene hagynia. Barroso annak idején erőteljes kétségeinek adott hangot e jóváhagyás esélyeivel kapcsolatban, kevéssé burkolt utalásokat téve arra, hogy a saját szeparatista mozgalmaikkal küszködő EU-tagállamok nemigen látnának szívesen egy olyan új tagországot, amely egy másik országból vált ki.
Ez azonban csaknem két éve volt, és most inkább az a kérdés, hogy Brüsszel Londonnal, a belső szeparatista törekvésekkel küzdő más tagállamokkal, vagy az EU-hoz hű Skóciával vállalna-e elsősorban szolidaritást Brexit esetén.