Varga azért is jelentette be az önálló adóügyi államtitkárságot, hogy nagyobb súlyt adjon az adózásnak saját minisztériumának a rendszerében. A nemzetgazdasági minisztérium (NGM) szerint Európában nem példa nélküli az adóztatás becsatornázása a felügyeleti tárcára, ugyanakkor a forma, ahogy a magyar kormány ezt kialakította:
lényegében egy államtitkárt tettek meg a NAV vezetőjének,
vitára adhat okot, hiszen nem egyértelmű, hogy hol válik el a törvényhozói és a végrehajtói hatalom. Éppen ezért arról nem döntöttek eddig, hogy a adóhivatal operatív irányítói (eddigi elnöke, elnök-helyettesei) helyettes államtitkárként dolgozzanak a NGM-ben vagy nem. Ehhez képest másodlagos, hogy az irodájuk a NAV székházban marad vagy beköltöznek a fideszes minisztériumba.
Eközben Varga Mihály nemzetgazdasági miniszter mindent megtesz a NAV belső békéjéért is, a kormány elé viszi azt a javaslatot, amely alapján az adó- és vámbevételékért felelős szervezet, a NAV munkatársainak életpályamodellje javulhatna. Erre azért van szükség mert a NAV szakszervezetei egyre elégedetlenebbek, belső elemzések szerint egyre többen kérezkednek vissza a rendőrséghez.
Pintér Sándor belügyminiszter ugyanis a jelek szerint eddig jobban lobbizott, a rendőrségnél rég megvalósult az életpályamodell program.