Pálinkás, mikor értesült arról, mi készül, aggályaival levélben fordult Orbán Viktorhoz, ám a miniszterelnök válaszra sem méltatta.
Az akadémikus arról is beszélt, hogy Palkovics és közte van egy alapvető szakmai szembenállás:
míg az újdonsült miniszter az utasításos rendszer híve, addig Pálinkás szerint egyensúlyra van szükség az alapkutatás és az innováció között.
Az akadémikus szerint a fideszes politikus módszere
"nem fog eredményre vezetni, mert utasításos rendszerben igazán újat nem lehet kitalálni."
Álláspontját szemléletes példával támasztotta alá: szerinte az még soha sem fordult elő, hogy valakinek azt mondták, fedezze fel a lézert vagy a tranzisztort, és az illető erre fölfedez olyan dolgokat, aminek nemhogy a koncepcióját, de még a nevét sem lehetett előre tudni.
Pálinkás szerint,
"ha egy országban nincs világszínvonalú alapkutatás, akkor ott csak harmadrendű innováció lesz".
A Magyar Tudományos Akadémia (MTA) volt elnöke továbbra is kitartott a véleménye mellett, miszerint a CEU-n értékes kutatások folynak. Ezért állítólag kormányzati körökben sosem rótták meg Pálinkást.
Arról, hogy a Fidesz rátelepszik az MTA forrásaira, Pálinkás úgy nyilatkozott:
"Nagy gondnak tartom azt, ha a kutatási-fejlesztési pénzeket nem versenyben fogják elosztani."
Ettől függetlenül úgy véli, hogy az MTA függetlensége egyelőre nem került veszélybe, de "szokatlan", hogy az intézmény kutató intézeteinek költségvetése nem az irányító szervnél van, ami "nem illeszkedik a költségvetési logikába".
A kormány nem tágít: mindenképp rá akarják tenni a kezüket az MTA forrásaira
A bizottság ülésén először azokról a költségvetési módosító indítványokról szavaztak a képviselők, melyek nem érintették az MTA költségvetését. Pósán László, a bizottság fideszes elnöke elmondta, hogy az MTA beszámolójának tárgyalását Lovász László, az intézmény elnökének kérésére elhalasztják, majd ügyrendi javaslatként előterjesztette, hogy a költségvetési módosító indítványokról az azokat benyújtó frakciók szerint, egyben szavazzanak, a képviselők pedig 2, az Akadémia képviseletében megjelent dr. Vékás Lajos alelnök pedig mindössze 5 percben fejthessék majd ki véleményüket az intézmény költségvetésével kapcsolatos vitában.