Hétévesen ott volt mostohaapjával, Thököly Imrével Bécs török ostrománál, majd három évig élt anyjával az ostromlott munkácsi várban. 1688-tól jezsuiták nevelték Habsburg-hű szellemben, a prágai egyetemen tanult, magyarul csaknem elfelejtett.
Magyarország minden nemes és nemtelen lakosát harcba hívta
1694-ben elvette Sarolta Amália hessen-rheinfelsi hercegnőt, és Sáros vármegye főispánja lett. Az 1697. évi hegyaljai felkelés kegyetlen leverése után szervezkedni kezdett, de elárulták, és 1701-ben letartóztatták. A bécsújhelyi börtönből felesége segítségével szökött meg. A lengyelországi Brezán várában (ma Berezsáni, Ukrajna) keresték fel a tiszaháti felkelők. Rákóczi 1703 májusában közzétett kiáltványában Magyarország "minden nemes és nemtelen" lakosát harcba hívta az osztrák elnyomás ellen.
1703. június 16-án a Vereckei-hágón át lépett ismét magyar területre, s a Cum Deo pro Patria et Libertate (Istennel a hazáért és a szabadságért) feliratú zászló alatt gyülekező népfelkelők élére állt. A paraszthadak kezdeti győzelmei, a Tiszántúl elfoglalása után, 1703 végére a nemesség nagy része is hűséget esküdött neki. Miután az ország nagy része a felkelők kezére került, Rákóczit 1704. július 8-án a gyulafehérvári országgyűlés Erdély fejedelmévé választotta.
A szécsényi országgyűlés 1705. szeptember 17-én a magyarországi szövetkezett rendek vezérlő fejedelmévé tette, majd 1707. június 18-án az ónodi országgyűlés megfosztotta a tróntól a bitorló Habsburgokat.
Amikor a kurucok még hősök voltak
A kitűnő szervező Rákóczi központosított államot akart létrehozni, és merkantilista gazdaságpolitikát folytatott. A katonáskodó jobbágyok felszabadítása miatt azonban szembekerült a nemességgel. Külpolitikájában igyekezett szövetségeseket találni, így kereste XIV. Lajos francia király és I. Péter orosz cár segítségét, de 1704-ben és 1706-ban a bécsi udvarral is sikertelen béketárgyalásokat folytatott.
A társadalmi feszültségek kiéleződése, a gazdasági helyzet romlása, a pestisjárvány és a császáriak katonai fölénye miatt a küzdelem egyre reménytelenebbé vált, a kurucok 1708-ban Trencsénnél, 1710-ben Romhánynál szenvedtek nagy vereséget. 1711 februárjában Rákóczi Lengyelországba ment, hogy Oroszországtól kérjen katonai segítséget. Távollétében a rendek által támogatott Károlyi Sándor fővezér és az udvart képviselő Pálffy János 1711. április 30-án békét kötött.
A szatmári béke a hűségeskü letétele után garantálta a rendi alkotmány és a vallásszabadság helyreállítását, a közkegyelmet, a hűségeskü letétele után Rákóczi is visszakaphatta volna birtokait.
A nép ajkán legendássá vált
A fejedelem nem fogadta el a békét, a száműzetést választotta, itthon fej- és jószágvesztésre ítélték. Előbb Franciaországban próbált a magyar ügy érdekében cselekedni, de kudarcot vallott, ekkor írta Vallomásait. A szultán hívására 1717-ben Törökországba utazott, 1720-tól 1735. április 8-án, nagypénteken bekövetkezett haláláig a Márvány-tenger partján, Rodostóban (ma Tekirdag) élt.
Halála után - kívánságának megfelelően - az isztambuli Szent Benedek-kápolnában édesanyja, Zrínyi Ilona mellé temették el, szívét és kéziratait a franciaországi Grosbois-ba küldték.
Hamvait 1906-ban hozták haza ünnepélyes külsőségek között, és a kassai Szent Erzsébet-székesegyház kriptájában temették el. A nép ajkán legendássá vált fejedelem halálának 200. évfordulójára készült, a közelmúltban restaurált lovas szobra (Pásztor János szobrász és Györgyi Dénes építész alkotása) Budapesten, a Kossuth téren áll a Parlament előtt. Mányoki Ádám által készített híres arcképe díszíti az ötszáz forintos bankjegyet.
Kassán 1991-ben nyitották meg annak a rodostói háznak a hasonmását, ahol a fejedelem életének utolsó tíz évét töltötte. A múzeumnak berendezett épület előtt 2006-ban állították fel Rákóczi szobrát, Györfi Sándor művét. Az építkezés 1942-ben kezdődött, amikor Kassa az első bécsi döntés után Magyarországhoz tartozott, de az emlékházat csak 1991-ben nyitották meg. A gyűjtemény alapját Rákóczi Ferenc ebédlőpalotájának eredeti díszítőelemei alkotják, amelyeket még az 1906-os temetés előtt szállítottak Rodostóból Kassára, ezek némelyikét a fafaragásban is jeleskedő fejedelem maga készítette.
Az Országgyűlés 2015. március 17-én II. Rákóczi Ferenc emléknapjává nyilvánította március 27-ét, Erdély és Magyarország fejedelmének, a Rákóczi-szabadságharc vezetőjének születésnapját. Az országgyűlési határozat tisztelettel adózik a II. Rákóczi Ferencre felesküdöttek emléke előtt is, akik a Cum Deo pro Patria et Libertate zászló alatt küzdöttek a magyar szabadság kivívásáért. A parlament kimondta azt is, hogy támogatja és szorgalmazza a Rákóczi-szabadságharccal kapcsolatos megemlékezések szervezését, oktatási anyagok készítését.